SMA Muhammadiyah 2 Genteng berdiri pada tahun 16 Juli 1979 di Jln. Diponegoro No. 60 Genteng. Proses berdirinya SMA MUHA (sebutan untuk SMA Muh. 2 Genteng) diprakarsai oleh tokoh-tokoh Muhammadiyah Cabang Genteng. Pada awal berdiri, SMA MUHA pertama kali dipimpin oleh Bapak Abdul Mun’im, S. H. Beliau ditunjuk oleh Pimpinan Cabang Muhammadiyah Genteng sebagai Kepala SMA MUHA yang pertama kali. Beliau merupakan alumnus Fakultas Hukum UGM (Universitas Gajah Mada), mantan aktivis HMI (Himpunan Mahasiswa Islam), PII (Pelajar Islam Indonesia) sekaligus pengurus Muhammadiyah Ranting Temuguruh. Beliau menjabat selama dua puluh tahun sejak awal berdiri tahun 1979 sampai tahun 1999.
Pada mula awal berdiri, perjuangan lika-liku menghadapi berbagai kendala dimulai. Dikarenakan belum memiliki gedung sendiri, SMA MUHA masih harus berbagi gedung dengan SD Muhammadiyah 6 Genteng yang saat itu sudah berdiri lebih dulu dan menurut sejarah sudah ada sejak tahun 1936. Selain gedung, pada awal berdiri SMA MUHA harus mencari tenaga pendidik untuk melangsungkan kegiatan pembelajaran. Oleh karenanya, untuk tenaga pendidik SMA MUHA merekrut guru-guru honorer yang kebanyakan sudah mengajar di sekolah lain. Uniknya, sembilan guru honorer SMA MUHA merupakan tenaga pendidik yang juga mengajar di SMAN 1 Genteng.
SMA MUHA mengawali tahun pertama berhasil mencapai tiga rombel (rombongan belajar). Sebuah pencapaian yang cukup luar biasa untuk debutan sekolah baru tingkat SMA/MA. Pada tahun pertama beroperasi, kegiatan pembelajaran dilaksanakan di waktu siang hari (pukul 13.30) dan diakhiri dengan kegiatan sholat Maghrib berjamaah. Penentuan jam masuk pada siang hari bukan tanpa alasan. Hal ini dilakukan karena pada pagi harinya masih digunakan kegiatan pembelajaran untuk SD Muhammadiyah 6 Genteng.
Perkembangan SMA MUHA cukup pesat hingga dalam kurun waktu lima tahun saja, total SMA MUHA sudah memiliki lima belas rombel yang masing-masing lima rombel di tiap jenjang dari kelas 1 sampai kelas 3. Mengawali dengan angkatan pertama dan angkatan kedua sebanyak 3 rombel, angkatan ketiga 4 rombel, angkatan keempat sampai keenam 5 rombel sehingga pada tahun 1984 total terdiri dari 15 rombel. Pada tahun ini pula SMA MUHA meraih predikat “DIAKUI”.
Enam tahun berselang, yakni pada tahun 1990 SMA MUHA mengajukan akreditasi untuk bisa naik ke level lebih tinggi namun belum berhasil. Hal ini tidak meruntuhkan semangat dari Bapak Abdul Mun’im selaku Kepala Sekolah. Setahun berselang, melalui berbagai upaya yang dilakukan tepatnya pada tahun 1991 SMA MUHA berhasil memperoleh predikat “DISAMAKAN” yang waktu itu merupakan tingkatan tertinggi akreditasi untuk satuan pendidikan.
Dalam perjalanan berdiri SMA MUHA dari tahun 1979 hingga saat ini tahun 2022, sudah ada lima orang yang menjabat sebagai kepala sekolah. Pertama, Abdul Mun’im, S. H. (1979-1999). Kedua, Nur Ahmadi, S. Ag. (1999-2003). Ketiga, Nawachid, M. Pd (2003-2016). Keempat, Masutra, S. E (2016-2021) dan yang kelima, Drs. Suharyono (2021-sekarang). Sampai saat ini sudah ada empat puluh satu angkatan yang sekiranya jumlahnya suda ribuan alumni yang sudah lulus dari SMA MUHA. Bermodal akreditasi A “Unggul”, SMA MUHA menjadi salah satu sekolah tingkat SMA/MA terbaik di Kabupaten Banyuwangi.